Pierwsze ślady pobytu człowieka na terenie gminy Mielnik pochodzą z okresu neolitu. Ówczesne „złoto” tamtej epoki, krzemień, znajdujący się w kredzie przyciągnął tu ludzi. Stałe osadnictwo datowane jest na XI – XII wiek. Gród mielnicki powstał być może w 1038r. podczas wyprawy Wielkiego Księcia Kijowskiego Jarosława przeciw Jaćwingom. W tym okresie był to teren rywalizacji pomiędzy książętami polskimi a ruskimi. Po raz pierwszy nazwa Mielnik /Mielnica / pojawia się w Latopisie Ipatijewskim w roku 1240, gdy Tatarzy zniszczyli gród mielnicki i po raz drugi w roku 1260 gdzie przed ikoną Spasa Izbawnika /Chrystusa Zbawiciela i Odkupiciela/ modlił się ruski książę halicko-włodzimierski Daniło.
W czasie zwierzchności książąt mazowieckich w 1440r. od Bolesława IV Mazowieckiego Mielnik otrzymuje prawa miejskie chełmińskie. Pierwsza wzmianka o istnieniu zamku mielnickiego z 1379r. pochodzi z relacji kronikarza krzyżackiego Wiganda z Marburga. Okres świetności Mielnika przypada na czasy panowania Jagiellonów. W 1486r. na zamku mielnickim przebywał Kazimierz Jagiellończyk. W 1501r. oczekiwał tu na koronę polską Aleksander. Pobyt Aleksandra okazał się bardzo ważny dla miasta. Jako jedno z pierwszych miast podlaskich Mielnik w 1501r. otrzymał prawa miejskie magdeburskie. Tu zostają podpisane dwa ważne dokumenty unia mielnicka i przywilej mielnicki. Aleksander na zamku mielnickim przebywał także w latach 1503 i 1504.
Ponownie oczekuje tu w 1505r. na koronę Zygmunt zwany później Starym. W tymże roku zostaje zwołany tu sejm litewski. Pobyty monarchów stawiały Mielnik w pierwszym rzędzie miast litewskich. W 1569r. Mielnik wraz z województwem podlaskim zostaje wcielony do Korony Polskiej. Wzmianka o Mielniku została umieszczona w pracy Włocha Aleksandra Gwagnina wydanej drukiem w 1578r. „Sarmatia Europeae despiripto”.
Kres świetności miasta przypada na połowę XVII wieku, gdy województwo podlaskie znalazło się w strefie walk i przemarszów wojsk. W 1656r Mielnik niszczą Szwedzi a w 1657 wojska siedmiogrodzkie Jerzego II Rakoczego oraz wyprawy wojsk moskiewskich. Zniszczeń dokonanych przez wojska szwedzkie, siedmiogrodzkie dopełniały marsze zbuntowanych wojsk koronnych i litewskich, które w latach 1662 i 1663 nie otrzymały wynagrodzenia i grabiły mienie mieszczan mielnickich. Dodatkowe żniwo zebrały zarazy panujące w latach 1653-1661. Ludność Mielnika zmniejsza się z około 1500 osób z połowy XVI wieku do 480 w 1662 roku a 97 w 1717r.
Pod koniec XVIII wieku następuje ożywienie gospodarcze dzięki odkrywkowej eksploatacji kredy. Mielnik staje się jednym z najważniejszych ośrodków wapienniczych na Podlasiu, chociaż w samej miejscowości nie powstało wiele budynków murowanych. W 1934r. na wniosek mieszkańców Mielnik zostaje pozbawiony praw miejskich. W czasie II wojny światowej rzeka Bug stanowi granicę pomiędzy III Rzeszą a Związkiem Radzieckim. Mielnik zostaje wysiedlony przez władzę radziecką i przeniesiony na Grabowiec i Poręby. Obecnie Mielnik jest wsią liczącą niespełna 900 mieszkańców.
